L'òrgan de govern de la Fundació Observatori de l'Ebre és el Patronat. La seva composició es regula a l'article 7 dels seus estatuts (Estatuts).
President
Generalitat de Catalunya. Representant: Ester Capella i Farré
Vocal
Agència Estatal de Meteorologia. Representant: Ramon Pascual Berghaenel
Vocal
Ajuntament de Tortosa. Representant: Jordi Jordan Farnós
Vocal
Ajuntament Roquetes. Representant: Ivan García Maigí
Vocal
Consejo Superior de Investigaciones Científicas. Representant: Luís Calvo Calvo
Vocal
Diputació de Tarragona. Representant: Enric Adell Moragrega
Vocal
Francisco Javier Massó Pérez. Subdirecció General de Recerca
Vocal
Institut Cartogràfic i Geològic de Catalunya. Representant: Miriam Moysset Gil
Vocal
Joan Gómez Pallarès. Direcció General de Recerca.
Vocal
Josep Vidal Fàbrega. Departament d'Acció Climàtica, Alimentació, Agenda Rural
Vocal
Instituto Geográfico Nacional. Representant: Lorenzo García Asensio
Vocal
Servei Meteorològic de Catalunya. Representant: Sarai Sarroca i Cervelló
Secretari no patró
Jaume Serra Casals
Director
Pere Quintana Seguí
